连接GPIO SMA差分输出到收端FPGA的SMA差分时钟输入时，如果收端没有检测到信号，可能有以下几种可能的原因：
信号源配置错误： 确保GPIO SMA差分输出正确配置为时钟信号，并且频率、电平等参数设置正确。
时钟输入配置错误： 确保FPGA的时钟输入端口被正确配置为差分输入，并且配置了正确的时钟源。
电气连接问题： 检查GPIO SMA差分输出和FPGA SMA差分时钟输入之间的物理连接是否良好，包括连接线路是否正常、接触是否良好等。
信号完整性问题： 确保信号在传输过程中没有受到干扰或衰减，可以通过示波器等工具检查信号波形的完整性。
时钟域不匹配： 确保GPIO SMA差分输出和FPGA SMA差分时钟输入处于相同的时钟域中，否则可能会导致时序不匹配而无法检测到信号。
FPGA端口配置错误： 确保FPGA端口被正确地映射和配置，以确保时钟信号能够被FPGA正确地接收和处理。
在检查以上可能的原因时，可以逐一排除，确认问题所在，并采取相应的措施来解决。如果问题仍然存在，可能需要进一步的调试和分析，可能涉及到硬件设计、电路布局等方面的问题。